Allí comenzó su relación con Matilde Torres Marchal. Tras ser cerrado el hospital de Jaén, fueron trasladados al de Baza (Granada), donde permanecieron hasta el final de la guerra. El 28 de febrero de 1938, ante la inminencia de la caída de Baza, Matilde Torres Marchal se dirigió a Madrid, y García Cabrera al puerto de Cartagena con el propósito de abandonar España, pero no consiguió embarcar. Tras fracasar su intento, García Cabrera volvió a Baza, donde fue detenido el 29 de marzo. Implicado en varias causas judiciales, en julio de 1942 fue trasladado a la prisión provincial de Granada. El 21 de diciembre de 1944 se autorizó su salida de la prisión.

En los años de la guerra García Cabrera supo aprovechar las ocasiones de obligado reposo para escribir varios libros de poemas, que no pudo publicar entonces. El primero era Entre la guerra y tú, el aludido título surrealista. Los otros libros de esta época no respondían ya a una estética surrealista. En el primero de estos libros: Romancero cautivo, el lenguaje y el ritmo de los poemas no dejan de recordar los del Romancero gitano de Lorca. En el segundo de estos libros: La arena y la intimidad, próximo en muchos aspectos a Unamuno y a Miguel Hernández, cada poema se presenta como una invocación al desierto, vivida desde el recuerdo de la isla. Otro libro de la época de prisión de García Cabrera es Hombros de ausencia, en el que el poeta trata de dilucidar su conciencia escindida entre el presente y el pasado. García Cabrera empezó en Baza en 1944 y terminó ya en Tenerife en 1946 Viaje al interior de tu voz, poema largo, de más de mil trescientos versos, en forma de monólogo del amante.

En diciembre de 1944 García Cabrera fue liberado en Granada y se trasladó a Madrid, donde pensaba reunirse con Matilde Torres Marchal. Pero fue detenido a los pocos días, reclamado desde Tenerife para ser juzgado por la evasión de Villa Cisneros en 1937. En abril de 1945 fue trasladado a la prisión provincial de Tenerife. Nuevamente juzgado y condenado, desde octubre de 1945 hasta diciembre de 1950 pudo cumplir la pena de prisión atenuada en su domicilio. En 1948 comenzó a trabajar como administrativo en la Compañía Española de Petróleos (CEPSA) y se casó con Matilde Torres Marchal.

Con la vuelta a Canarias empezó para García Cabrera una segunda fase de su vida y su obra. Desde ese momento hasta el final de sus días, el poeta pudo publicar nueve libros (de Día de alondras a Hacia la libertad), pero también escribió y dejó sin publicar otros quince. Las difíciles circunstancias de la época y su condición de represaliado de la dictadura franquista explican la nula presencia pública de García Cabrera en los años 1940-50 y su lenta reaparición en el decenio siguiente. Aparte de su ensayo "Arquitectura y poesía", publicado en 1950 en la revista De arte, García Cabrera reapareció como poeta en la escena cultural en 1951 con Día de alondras, libro de corte todavía neopopularista. Este fue el último de los libros del autor representados en la Antología de la poesía canaria, I, Tenerife (1952) de Domingo Pérez Minik.

La salida en 1959 de La esperanza me mantiene significaba una reorientación definitiva de la voz poética de García Cabrera, que, con su estilo peculiar, incorporaba de manera muy personal el acento existencial de la época junto a ciertas componentes testimoniales. Aunque en 1968, con el libro de romances Vuelta a la isla, García Cabrera volvió a una poesía de tono menor, sin embargo los poemas del libro Entre cuatro paredes, editado en ese mismo año, volvían a expresar sobre todo la conciencia moral del poeta. Por lo demás, junto a esa línea más testimonial, cobraba también notable desarrollo otro lado más lírico y existencial de la poesía de García Cabrera, nacido de la vivencia directa del mar en el sur de Tenerife, sobre todo a partir de 1960.

En las décadas de 1960 y de 1970 se observa, en efecto, en García Cabrera esa dualidad de la escritura del poeta ante el mar y la del poeta en la sociedad, dualidad presente en los poemas de Las islas en que vivo. Las circunstancias políticas de mayor libertad en las postrimerías del franquismo, junto a la condición del poeta como superviviente republicano y represaliado de la dictadura, y, desde luego, su nunca apagado interés por la política, favorecieron la orientación de la poesía de García Cabrera hacia la crítica social y política. En esa dirección se inscribían de modo más claro los libros que publicó en aquel decenio: Hora punta del hombre (aparecido en 1970, antes que Las islas en que vivo), Elegías muertas de hambre (1975), Ojos que no ven (1977) y Hacia la libertad (1979), a los que hay que sumar los libros inacabados Llevadme con vosotros y Desvirgando soledades [1978-1980].

En la otra línea de su escritura, la del poeta ante el mar, de mayor calidad, se inscriben de forma muy clara tres de los libros inacabados: El mar, tocayo mío[1967-1979], Suite majorera [1974] y Nodriza de mi voz [1967-1980]. Durante las décadas de 1960 y de 1970 García Cabrera fue teniendo una presencia cada vez más reconocida por su obra poética y por su actitud política frente a la dictadura franquista. En marzo de 1964 participó en el significativo Recital de Poesía Canaria que tuvo lugar en el Colegio Mayor Universitario San Agustín, en La Laguna. Fue incluido por Lázaro Santana en su antología Poesía canaria (de 1969). En 1970 los jóvenes editores de Inventarios provisionales (Eugenio Padorno y J. J. Armas Marcelo) llevaron a cabo, en Las Palmas, la reedición de Transparencias fugadas, hecho que definían "como homenaje a Gaceta de arte y a cuantos tomaron parte en su aventura". La significación tanto ideológica como estética de la reedición de Transparencias fugadas quedó aún más destacada al ser presentada en El Museo Canario, en Las Palmas, el 18 de diciembre de 1970, en un acto planteado como homenaje a García Cabrera y en el que el autor hizo una lectura de sus poemas juveniles.

En los momentos ya finales del franquismo García Cabrera fue incluido por Domingo Pérez Minik en su libro Facción española surrealista de Tenerife (de 1975). En abril de 1976, durante los primeros momentos de la transición a la nueva era democrática, intervino con la ponencia titulada 'Poesía canaria' y con una lectura de sus poemas en el Primer Congreso de Poesía, organizado por el Ateneo y la Universidad de La Laguna. En septiembre de 1980 le fue tributado un homenaje a García Cabrera en el Círculo de Bellas Artes, de Santa Cruz de Tenerife. El homenaje fue promovido por el grupo llamado Joven poesía canaria, cuyos quince componentes participaron con la lectura de un poema propio en aquel acto (del que se editaría un volumen al año siguiente); también intervinieron en tal ocasión Domingo Pérez Minik y Eduardo Westerdahl.

A partir sobre todo de la edición, en 1980, de la importante antología poética A la mar fui por naranjas, prologada por Pérez Minik, la obra de García Cabrera, ha sido objeto de una constante atención crítica. En 1983 Andrés Sánchez Robayna lo seleccionaba en su antología Museo atlántico. En 1985 Esteban Amado dio a conocer su monografía Pedro García Cabrera: En torno a una existencia poética. En 1987 Lázaro Santana lo incluyó en su antología Modernismo y vanguardia en la literatura canaria. Ese interés por la figura de García Cabrera alcanzó en 1987 una fase de indudable importancia con la edición de las Obras completas del poeta (preparada por Sebastián de la Nuez, Rafael Fernández y Nilo Palenzuela). Este último, además, consagró su memoria de licenciatura al estudio de El primer Pedro García Cabrera (editada en 1991) y su tesis doctoral al estudio del conjunto de la obra del poeta. En 1990 fue incluido en la Biblioteca Básica Canaria (editada por el Gobierno de Canarias).

En 2005, con ocasión del centenario del nacimiento del poeta, se realizaron diversas actividades relacionadas con García Cabrera. Así, Rafael Fernández y Nilo Palenzuela se encargaron de la edición de una Obra selecta (publicada por la Editorial Verbum, de Madrid, en tres tomos). En octubre de 2005 se celebró en la isla de La Gomera un congreso sobre García Cabrera, en el que participaron numerosos críticos e investigadores no sólo de la literatura sino también del arte y de la historia general. (En 2007 se publicaron las actas del congreso.) En noviembre de 2005 se presentó en la Biblioteca de Humanidades de la Universidad de La Laguna la exposición, de carácter bibliográfico y documental, titulada Dos poetas en su centenario: Pedro García Cabrera y Emeterio Gutiérrez Albelo. En el marco de esta exposición se impartió un curso sobre las vanguardias históricas. (Existe catálogo de la exposición, que recoge también las conferencias del curso.) Asimismo en este año 2005 se presentó en la sede de CajaCanarias en Santa Cruz de Tenerife la exposición Islas raíces: Visiones insulares en la Vanguardia de Canarias. (Existe catálogo de esta exposición, con numerosas colaboraciones.) Desde 2004 Rafael Fernández ha coordinado la Biblioteca del Centenario, que ha publicado Ediciones Idea. García Cabrera fue seleccionado en 2007 en La enciclopedia de la literatura canaria. En 2009 vieron la luz un primer epistolario del poeta, editado por Roberto García de Mesa, y el estudio de C. Brian Morris 'Entre la guerra y tú', de Pedro García Cabrera: Guerra, prisión y poesía. Y, en fin, en 2010 apareció el volumen Todo es azar (Entrevistas y textos dispersos), recopilación preparada por Miguel Martinón.